Los primeros restos localizados en el término de Santalecina parecen proceder de los íberos, aunque el toponimo proviene de la época romana, refiriéndose al posesor romano Licinius y a sus tierras, saltus, adquiriendo el nombre de Saltus Lizinius. Otros autores dan como origen del topónimo del latín saltus (bosque) e ilex/ilicis (encina) resultando "bosque de encinas".
Los restos, tanto del posible poblado íbero como de la villa romana, pueden verse en el lugar conocido como Tozal de los Moros.
Durante principios de los ochenta, este trozo de historia sufrio un expolio brutal por parte de "coleccionistas" particulares.
Tras la reconquista por parte de Sancho Ramirez al mismo tiempo que Monzón, el topónimo evolucionó a Santa Lizinia. Perteneció al reino medieval montisonense, y del poblado medieval se mantiene erguido un arco de su templo dedicado a San Pedro en el monte de Larroya. Fue villa amurallada aunque no queden restos de ella. Los fieles debían acudir al templo de Santa María en Monzón a recibir las aguas bautismales.
En el año 1184, Doña Sancha, esposa de Alfonso II el Casto, ofreció al Maestre del Temple el castillo y la población de Santalecina, en posesión de los sanjuanistas, y algunas posesiones de Pueyo de Santa Cruz a cambio de las iglesias de Sijena y Sena. Tres años después se hizo
el intercambio, pasando a depender de la encomienda templaria y luego sanjuanista de Monzón.
Por Larroya pasaba un importante camino compostelano que desde Monzón, y tras pasar por Villanueva de Sijena y Candasnos llegaba a Zaragoza. En 1585, durante la celebración de Cortes en Monzón, Felipe II se descubrió delante de San Pedro, mientras practicaba la caza por aquellos inmensos páramos. Larroya dependió de las monjas cistercienses de Casbas.
Desde el siglo XV hasta la desamortización de 1835 formó parte de una encomienda formada por Chalamera, Belver, Estiche y Santalecina.
En 1827 pertenecia al partido judicial de Barbastro, cambiando durante ese siglo al de Fraga (citado en 1847) y al de Sariñena (citado en 1886).
Su parroquia, perteneciente al obispado de Lérida y siempre dedicada a San Salvador, se convierte en parroquia independiente en el año 1746, en el que deja de ser agregada de la de Estiche. A finales del siglo XIX fue restaurada a fondo tras las quejas continuadas de los párrocos.
Desde el siglo XVIII hasta la guerra de 1936 tuvo gran vitalidad la cofradía del Rosario, una especie de caja de ahorros para atención de necesitados que salían por las calles el primer domingo de cada mes.
Durante la guerra civil el Ayuntamiento de Santalecina llegó a emitir moneda. Un ejemplo son estas imágenes de un billete de una peseta bajadas de la web barranque.com.
Desde la guerra civil, en Santalecina se ha experimentado un paulatino descenso de la población debido a la emigración a las ciudades y a la vecina Cataluña
En 1972, formó ayuntamiento con las localidades vecinas de Pomar de Cinca y Estiche, llamando al municipio San Miguel de Cinca. Este municipio está integrado dentro de la comarca del Cinca Medio, cuya capital es Monzón. La iglesia parroquial fue restaurada y remodelada durante los años noventa y también en esa época pasó de la diócesis de Lérida a la de Barbastro - Monzón
Tras el cierre de la fábrica en los años setenta, la economía se basa en la agricultura, ganadería y servicios. Destaca la excelente calidad de la fruta que produce su huerta.
· Archivo histórico provincial de Huesca - 20 de abril de 1600
· Censo electoral de Santalecina en 1890 (Enviado por Cosme)
· El templo de San Salvador
· Los diezmos en el siglo XIX
· Enciclopedia de 1827 (Título y autor desconocidos)
· Diccionario geográfico - estadístico - histórico de España y sus posesiones en ultramar (Pascual Madoz) - Año 1847
· Diccionario geográfico-estadístico (Autor desconocido) - Año 1886
· Evolución de la población
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